Setelah selesai menjabat sebagai Pangkodau IV pada bulan April 1965 kemudian diangkat sebagai Panglima Komando Operasi, sedangkan jabatan sementara Wakil II Panglima Mandala tetap dijabat sampai bulan Mei 1963. Tahun 1966 diangkat sebagai Panglima Kohanud merangkap sebagai anggota MPRS mewakili AURI. Tanggal 17 Juni 1966 pangkatnya dinaikkan menjadi Laksamana Muda Udara. Pada saat berlangsungnya Operasi Dwikora pernah menjabat sebagai kepala Staf Komando Mandala Siaga.

Setelah memasuki akhir pengabdiannya sebagai prajurit AURI, Laksamana Muda Udara Leo Wattimena mendapat kehormatan untuk menjadi Duta Besar berkuasa penuh untuk Italia. Dengan pengangkatan menjadi Duta Besar di Itali ini diartikan lain, karena tugas ini sama saja rasanya dibuang dan sakit hati, karena saat itu merasakan bahwa harus berpisah dengan Pesawat P-51 Mustang.

Perpisahan itu terasa separo jiwanya telah diambil, karena ia bercita-cita menjadi penerbang bukan Duta Besar.Setelah masa tugasnya sebagai Duta besar di Italia berakhir, Laksamana Muda Udara Leo wattimena menderita sakit dan harus dirawat di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo, Jakarta.

Pada waktu diirawat di rumah sakit tidak merasa nyaman dan tidak kerasan untuk diam dan tiduran terus, akhirnya ia melarikan diri dengan naik Bajai, setelah sampai di rumah diantar kembali ke Rumah Sakit oleh keluarganya.

Di Rumah sakit Cipto itulah Laksamana Muda Udara Leo Wattimena menghembuskan nafasnya yang terakhir dan berpulang ke rumah Tuhan, dalam usia 47 tahun dengan meninggalkan seorang istri dan 4 orang anak.

Laksamana Muda Udara Leo Wattimena sebelum meninggal berpesan pada istrinya, “Kalau saya meninggal rawatlah anak-anak dengan baik”. Sebelum dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Nasional Kalibata, jenasah disemayamkan di Markas Besar Angkatan Udara untuk memberi kesempatan kepada seluruh anggota AURI memberikan penghormatan terakhir

Selama berdinas di AURI mendapatkan Bintang/tanda jasa berupa medali Sewindu, Gerakan Operasi Militer III, IV, V, VI, VII, Bintang Sakti dan Satyalencana Wira Dharma. (berbagai sumber)