Dilihat dari komposisi struktur organisasi DEN di atas, terdapat beberapa potensi kontradiksi dengan norma lainnya yang menjadi kelemahan dalam penyusunannya di UU Energi ini karena jika mengacu pada ketentuan Pasal 1 angka 26 UU Energi yang menyebutkan bahwa:

Pasal 1. 26.  Dewan Energi Nasional adalah suatu lembaga bersifat nasional, mandiri, dan tetap yang bertanggung jawab atas perumusan kebijakan energi nasional. Dengan sifat lembaga yang mandiri, maka dapat diartikan bahwa lembaga tersebut tidak ada intervensi dari kekuasaan lembaga mana pun dalam melaksanakan tugas dan wewenangnya.

Padahal dalam struktur organisasinya sendiri terdapat presiden, wakil presiden, menteri, dan pejabat pemerintahan lainnya yang rumpun jabatannya jika mengacu pada teori pembagian kekuasaan triaspolitica-nya Montesque.

Maka jabatan-jabatan tersebut dapat dikategorikan dalam pelaksana kekuasaan eksekutif yang berada di bawah Presiden sebagai pemegang kekuasaan pemerintahan sebagaimana ketentuan Pasal 4 UUD NRI Tahun 1945.

Pada BAB III,  KEKUASAAN PEMERINTAHAN NEGARA,  Pasal 4 mengaurai :

(1) Presiden Republik Indonesia memegang kekuasaan Pemerintahan menurut Undang-Undang Dasar.

(2) Dalam melakukan kewajibannya Presiden dibantu oleh satu orang Wakil Presiden.

Sehingga jika unsur keanggotaannya berasal dari pemerintah maka pemaknaan kata “mandiri” dalam memaknai definisi DEN harus ditafsirkan sebagai kemandirian dalam ranah kekuasaan pemerintahan.

Namun disisi lain setelah membaca Pasal 13 dan 14 UU Energi, pada kenyataannya tidak demikian karena, anggota yang diseleksi dan diusulkan oleh pemerintah yang kemudian dipilih 8 orang oleh DPR merupakan para profesional di bidangnya.

Mekanisme rekrutmen ini sama dengan mekanisme pada lembaga-lembaga mandiri lainnya seperti Komisi Pemilihan Umum, Badan Pengawas Pemilihan Umum, Ombudsman, dan lain sebagainya di mana lembaga-lembaga tersebut memiliki tugas dan wewenang yang otonom tanpa intervensi dari kekuasaan lembaga negara yang lain, sehingga mungkin saja kemandirian yang dimaksud dalam definisi DEN adalah sama dengan kemandirian pada lembaga-lembaga otonom tersebut.

Dari corak struktur DEN yang keanggotaannya menggabungkan pejabat dalam jabatan pada institusi pemerintahan di bawah rumpun kekuasaan eksekutif yang diangkat dan diberhentikan oleh Presiden dan anggota yang berlatarbelakang profesional yang dipilih oleh DPR, maka kemandirian lembaga DEN berpotensi memunculkan interpretasi yang berbeda-beda.

Potensi tersebut diperkuat dengan ambiguitas susunan dan kedudukan DEN jika dilihat lebih jauh pada ketentuan Pasal 5 UU Energi, di mana Norma tersebut mengindikasikan bahwa seolah-olah DEN lebih kuat kewenangannya dibandingkan pemerintah dalam hal menetapkan jenis, jumlah, waktu, dan lokasi cadangan penyangga energi, karena jika DEN tidak menetapkan, maka Pemerintah tidak akan bisa menjalankan kewajibannya.